Buhara’dan Amasya’ya göç etmiş Sarıkadızâdeler ailesinden, Sühreverdiyye şeyhi Mustafa Dede’nin oğlu olarak Eslem Hatun Mahallesi’nde doğdu. Veladet tarihi hakkında H. 830 ile 840 yıllarına uzanan tarihler ileri sürülürse de, kesin bir bilgi yoktur. Hatib Kasım Efendi’den dinî ve edebî ilimleri, Hayreddin Mar‘aşî’den de aklâm-ı sitteyi meşkederek icâzet aldı. Ayrıca babasından tekmil-i sülûk ile Halvetiyye ve Zeyniyye’den hilâfet aldı.
Amasya’ya sancakbeyi tayin edilen Şehzade Bayezid’in muhabbetini kazandı. Kendisine yazıdan icâzet verdiği şehzadenin arzusuyla bazı kitablar istinsah etti. Şehzade Bayezid’in cülusundan sonra ailesiyle birlikte İstanbul’a giden Şeyh Hamdullah, saray kâtiblerinin ve müstahdeminin hüsn-i hat talimine memur edildi. Ayrıca mushaf-ı şerif yazması için Harem Dairesi civarında ve Edirne Sarayı’nda bir meşkhâne, arpalık olarak da Üsküdar’da iki köy tahsis edildiği gibi, bir köyün geliri de mührezenlerine verildi. H. 927/M. 1520 senesinde Kanûnî Sultan Süleyman’ın cülusundan birkaç ay sonra vefat etti